Alma Whittaker naît avec le XIXe siècle, à Philadelphie, d'un père anglais dont le talent de botaniste et la roublardise lui ont permis de faire fortune dans le commerce du quinquina, et d'une mère qui tient de sa famille de l'Hortus Botanicus d'Amsterdam une formidable érudition ainsi qu'une rigueur toute hollandaise. À leurs côtés et au contact des éminents chercheurs qui gravitent autour d'eux, Alma acquiert une intelligence éclectique et la passion de la botanique.
En grandissant, elle se passionne pour les mousses puis pour Ambrose Pike, illustrateur de génie. Comme elle, il cherche à percer les secrets du monde qui l'entoure mais, à la logique scientifique d'Alma, il préfère une pensée ésotérique ; un fossé qui les éloignera inexorablement mais poussera enfin Alma à partir à son tour à la découverte du vaste monde. L'Empreinte de toute chose entraîne le lecteur à la découverte d'un XIXe siècle kaléidoscopique, des bas-fonds anglais à la bonne société d'Amsterdam en passant par Philadelphie, Tahiti, Macao ou les cimes des Andes, dans un monde où les terra incognita s'amenuisent de jour en jour.
Alma, dotée d'une soif d'apprendre sans pareille, explore ce monde, la nature, la société dans laquelle elle vit et son propre corps - de l'infiniment grand à l'infiniment petit. Ce roman est aussi un gigantesque herbier des types humains : la candide ingéniosité d'Alma, l'impétuosité de son père Henry, la froide sainteté de sa soeur Prudence, la douce folie d'Ambrose, la rigueur de sa confidente Hanneke de Groot, la frivolité fantaisiste de son amie Retta, la calme profondeur du révérend Welles...
L'écriture à la fois luxuriante, raffinée et piquante d'Elizabeth Gilbert semble donner vie à tous ces personnages qui racontent un siècle où l'esprit des Lumières permet l'éclosion d'idées nouvelles.
